人類制造了機器，但機器對人類發起了進攻，并最終毀滅了隊人類。9就誕生于這人類全末日的最後時刻，他的創造者–一個瘋狂的科學家将自己的智慧留存給他，然後，成爲了人類最後一批殉難者。所以，當9真正醒來時，發現自己置身于一個荒涼的噩夢中。那些摧毀了人類的巨大的機器漫遊在地球上，企圖捕獲、殺死他們。9幸運的找到了幾個殘存的同類–包括戰争老兵1、老發明家2、健壯的機械工5、喜歡夢想的藝術家6和一位女戰士7，他們必須爲了生存掙紮鬥争，地球的未來就掌握在他們手中……

            就在不久的未來，人類制造的機器向人類展開了進攻。建築被毀、社會也分崩離析吩。最終，機器将人類屠殺殆盡。地球上看起來已是死寂一片。

　　不過就在機器以爲自己獲得了勝利的時候。另一小隊人馬卻開始了與機器的戰争，保護着人類最後的文明。它們是由碎布頭和紐扣做成的"小人"，在人類末日時被科學家創造出來并賦予生命的，它們是這個星球上有人類存在的唯一證明。這個時候，9來到了這個小隊，在日後的戰鬥中，9漸漸顯示出了自己的領導力和判斷力，并在數次危急的情況下使小隊化險爲夷。

　　除了9之外，小組裏還有8名成員。它們是：小組的隊長，剛愎自用的退伍老兵1；一個善良但是腦子有些短路的發明家2；不善言辭的學者雙胞胎3和4；意志堅定的負責後勤的機械師5；常受幻視困擾、不按常理出牌的藝術家6；獨來獨往的勇猛鬥士7和對1言聽計從的8。

　　在精神力量的召喚下，它們在使命的召喚下，開始向機器宣戰。